Durch archäologische Grabungen auf dem Hagschutz wurde festgestellt,
dass am südlichen Abhang dieses kegelförmigen Berges bereits in der jüngeren Steinzeit nacheinander zwei terrassenförmig angelegte Siedlungen bestanden. Man fand Tonscherben, Mühlsteine, Pfeilspitzen und etliche Steinbeile. In der Bronzezeit wurde der Hagschutz von den Kelten mit einem Ringwall befestigt. Dieser Epoche entstammt auch ein Grab, das an der jenseits des Tales liegenden Sonnhohle aufgedeckt wurde. Ins Licht der Geschichte tritt Niedereggenen mit der ersten urkundlichen Erwähnung in einem Codex des karolingischen Reichsklosters Lorsch bei Worms. Dort ist aufgezeichnet, dass am 12. Juni 773 ein gewisser Rupert und seine Söhne Hartold und Reginhard in Britzingen und „Eckenheim“ dem Kloster Grundstücke, Gebäude, Wiesen und Reben vermachten. Die zweite Erwähnung findet sich im Urkundenbuch des Klosters St. Gallen. Hier ist unter dem 27. Juni 820 festgehalten, dass eine Hildiburg zur Rettung ihrer Seele ihren Besitz in Buggingen, Laufen und „Eichinaim“ dem Kloster übergibt. Der Ortsname ist wohl zu deuten als „Heim des Ekko“ und weist auf einen Sippenältesten oder Grundherren, der sich in der Völkerwanderungszeit hier niedergelassen hat. Während in den ältesten Urkunden in verschiedenen Schreibweisen von „Eckheim,Eggenhain, Eginheim, Echinaim“ die Rede ist, wird nachweislich seit 1166 zwischen Obereggenen und Niedereggenen unterschieden. Im Mittelalter erschienen als Ortsherren die von Krenkingen – daher der Flügel im Dorfwappen – bevor 1470 die Markgrafen von Hachberg-Sausenberg Grundherren wurdenund Niedereggenen zur Markgrafschaft kam, aus der sich später das Land Baden entwickelte. Niedereggenen am Fuße des Blauen hat sich durch den Anbau von Qualitätsweinen und hervorragenden Kirschensorten einen guten Namen gemacht. Der kulturhistorisch interessierte Besucher findet in der im 11. bzw. 15. Jahrhundert entstandenen Kirche beachtenswerte spätgotische Fresken.
